氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀主要通過(guò)色譜分離出復(fù)雜基體樣品中的痕量有機(jī)小分子目標(biāo)組分，并通過(guò)三重串聯(lián)四級(jí)桿質(zhì)譜進(jìn)行化合物定性及痕量定量分析，并且進(jìn)一步可延伸至痕量多目標(biāo)組分的快速篩查和結(jié)果確證工作。對(duì)于氣化或經(jīng)衍生等手段處理后易于氣化的有機(jī)物，經(jīng)氣相色譜將各組分分離后，進(jìn)行定性、定量。
氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀對(duì)羥基、胺基、羧基等進(jìn)行衍生化往往起著十分重要的作用。主要有以下一些益處：
（1）改善了待測(cè)物的氣相色譜性質(zhì)。
待測(cè)物中一些極性較大的基團(tuán)的存在，如羥基、羧基等氣相色譜特性不好，在一些通用的色譜柱上不出峰或峰拖尾，衍生化以后，情況改善。
（2）改善了待測(cè)物的熱穩(wěn)定性。
某些待測(cè)物，熱穩(wěn)定性不夠，在氣化時(shí)或色譜過(guò)程中分解或變化，衍生化以后，待測(cè)物定量轉(zhuǎn)化成在GC-MS測(cè)定條件下穩(wěn)定的化合物。
（3）改變了待測(cè)物的分子質(zhì)量。
衍生化后的待測(cè)物絕大多數(shù)是分子量增大，有利于使待測(cè)物和基質(zhì)分離，降低背景化學(xué)噪音的影響。
（4）改善了待測(cè)物的質(zhì)譜行為。
大多數(shù)情況下，衍生化后的待測(cè)物產(chǎn)生較有規(guī)律、容易解釋的質(zhì)量碎片。
（5）引入鹵素原子或吸電子基團(tuán)，使待測(cè)物可用化學(xué)電離方法檢測(cè)。很多情況下可以提高檢測(cè)靈敏度，檢測(cè)到待測(cè)物的分子量。
（6）通過(guò)一些特殊的衍生化方法，可以拆分一些很難分離的手性化合物。
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